Dit fravær er mørke handler om en fortæller, der vågner op i en fremmed kirke et sted i det nordvestlige Island. Han lider af hukommelsestab og forsøger at erindre sit liv med hjælp fra en mystisk mand, som bliver hans ledsager, og som måske er buschauffør, måske præst, eller måske er han Djævelen selv.

Fortælleren skriver historien ned, samtidig med at vi læser den, og efterhånden som romanen skrider frem folder, der sig et mangfoldigt og levende persongalleri ud: Vi hører om en kvinde, der forelsker sig i en bonde, fordi han har de mest fantastiske blå øjne og hører Bob Dylan; en mor, som er tvunget til at forlade sit barn, en præst, som skriver breve til en afdød tysk digter; en fisker, som er ekspert i Kierkegaard; en deprimeret rockmusiker og en bondekone, der skriver en artikel om regnormen, muldens blinde digter.

Dit fravær er mørke er historien om en kvindes smil, der kan vække guderne og lyse verden op. Det er en historie om glemsel og tilgivelse, drømme og forfængelighed, savn og begær, fejltrin og lykke, og om skæbnens standhaftige beslutsomhed. Akkompagneret af Dødens playliste vokser portrættet af en familie langsomt frem.